Madrasah ini didirikan pada tahun 2006 atas dorongan warga sekitar Pondok Pesantren Nurul Ikhlas dan Wali Santri sebagai bentuk perimbangan pendidikan Non Formal di Pesantren. Madrasah Tsanawiyah Nurul Ikhlas, dibuka pada tanggal 10 Juli 2006 dengan jumlah siswa siswi sekitar 45 siswa. Alhamdulillah berkat kharisma Pengasuh Pondok pesantren Nurul Ikhlas serta kerjasama warga dan Stekholder, perkembangan Madrasah Tsanawiyah Plus Nurul Ikhlas yang dikepalai oleh Bapak Soekarno, S.Pd membawa kemajuan yang cukup signifikan. Sehingga pada tahun 2007 sudah dapat Izin operasional sementara dari Departemen Agama Bidang Mapenda Sidoarjo yang selanjutnya Tahun 2009 sudah dapat Izin Operasional secara resmi.