Madrasah Aliyah Nurul Ikhlas Sepande Sidoarjo berdiri pada tahun 2009 yang merupakan wadah pendidikan formal untuk para santri di Lembaga Pendidikan Pondok Pesantren Nurul Ikhlas sebagai lanjutan dari Madrasah Tsanawiyah Nurul Ikhlas yang sebelumnya telah didirikan pada tahun 2006. Kegiatan Belajar Mengajar di Madrasah Aliyah Nurul Ikhlas dibagi menjadi dua waktu pembelajaran, yaitu Pagi untuk siswa putra dan Siang untuk Siswa Putri. Hal ini bukan disebabkan kurangnya sarana dan prasarana yang ada, melainkan untuk menyesuaikan program dan kegiatan Pesantren Putra dan Putri serta mencegah pergaulan antara santri putra dan putri sesuai visi dan misi pesantren.